В нынешнем виде построены в 1527-1528 г. - Филипповская для боярских семей Новгорода, а Никольская - для жителей близлежащих деревень. После чумы 1607 г. приходы объединили и служили в храмах по очереди.
До недавнего времени данный храм был единственным в Новгороде действующим храмом.

В XVIII веке производится капитальная перестройка — Никольская церковь становится двухэтажной и преобразуется в придел. Одновременно возводится колокольня, которая примыкает к северо-западному углу Николаевского придела.
В 1899 году церковь Николая Чудотворца была почти полностью разобрана, сохранились лишь западная стена, следы на смежной стене церкви Филиппа апостола и остатки фундаментов.
В начале XX века северный Никольский придел прекратил свое существование.
В 1962 году, в связи с переводом церкви Филиппа в действующую, в ней проводились исследовательские и реставрационные работы: раскрыты и восстановлены первоначальные порталы подцерковья.
В 1969–1970 гг. проводились обмеры и исследования памятника, из-под завалов раскрыты остатки стен Никольской церкви, составлен проект реставрации.
В 1978–1979 гг. по проекту Н. Н. Кузьминой началось восстановление памятника.
В настоящее время памятник зодчества восстановлен в формах XVI века с сохранением западной паперти и колокольни XVIII века. Обе церкви равны по высоте, но различны по площади, апсида одна — у церкви Филиппа апостола, подцерковье и хоры общие. Завершается сооружение двумя большими и двумя малыми главками.
Это единственное в Новгороде архитектурное сооружение типа «сдвоенные» церкви, история которого уходит вглубь веков.
В этом храме хранится очень почитаемая икона Целителя Пантелеймона, которая считается чудотворной — именно к ней приходят новгородцы молить о здоровье своих близких.
1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

14

15

16
